Also du hast das schon richtig verstanden Tim.
Während der Fahrt lädt die Zweitbatterie über die Lichtmaschine.
Wenn du dann Landstrom wie bisher anschließt erfolgt die Ladung über das CTEK Ladegerät also so "wie bisher" auch.
An deiner Stelle würde ich die Batterie im noch ausgebautem Zustand einfach mal ans CTEK Ladegerät hängen und vor dem Einbau Volladen. Normal sind bei dem Ladegerät auch noch 2 Klemmen dabei die das ermöglichen. Wenn nicht dann einfach einbauen und über Nacht laden. Ich glaube das Ladegerät hat auch eine "Recond-Funktion", Einfach mal die Bedienungsanleitung von dem Teil googeln.